Κάθε χρόνο το Μουσείο υλοποιεί εκπαιδευτικά προγράμματα για μαθητές όλων των βαθμίδων εκπαίδευσης.
Το Μουσείο καλεί μαθητές και εκπαιδευτικούς να συμμετάσχουν σε βιωματικές εκπαιδευτικές δράσεις και να ταξιδέψουν νοερά 20 εκατομμύρια χρόνια πίσω στο γεωλογικό παρελθόν της περιοχής του Αιγαίου, να γνωρίζουν το απολιθωμένο δάσος, τα φυτά και τα ζώα που ζούσαν στην περιοχή πριν από 20 εκατομμύρια χρόνια και να έρθουν σε επαφή με φαινόμενα και διεργασίες που διαμόρφωσαν το Ελληνικό αρχιπέλαγος.
Ποιός δεν θα ήθελε να ζήσει την μοναδική εμπειρία γνωριμίας με ένα απολιθωμένο τροπικό δάσος 20 εκατομμυρίων ετών ή να περπατήσει στην καρδιά ενός ηφαιστειακού κρατήρα!
Τα εκπαιδευτικά προγράμματα του Μουσείου απευθύνονται σε διαφορετικές ηλικιακές ομάδες μαθητών : α. παιδιά 4 – 7 ετών (Νηπιαγωγείου και Α’-Β’ Δημοτικού), β. παιδιά 8 – 12 ετών (Γ’-ΣΤ’ Δημοτικού) και γ. παιδιά 13 -17ετών (Γυμνασίου – Λυκείου).