Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Απολιθωμένου Δάσους δίνει τη δυνατότητα σε σχολεία από όλη την Ελλάδα και το εξωτερικό να συμμετέχουν σε ειδικά προγράμματα περιβαλλοντικής εκπαίδευσης. Τα προγράμματα αυτά είναι ευρύτερα σε περιεχόμενο και διάρκεια (2ήμερα, 3ήμερα, 5ήμερα), ειδικά προσαρμοσμένα στις ανάγκες της συγκεκριμένης επίσκεψης ανάλογα με το θεματικό αντικείμενο. Στόχος των Ειδικών Προγραμμάτων Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης είναι η γνωριμία των μαθητών με το Απολιθωμένο Δάσος Λέσβου, η βιωματική επαφή με το ποικίλο και άθικτο φυσικό και γεωλογικό περιβάλλον της Λέσβου, αλλά και η επαφή με το σύνολο των αξιοθέατων ιστορικού, αρχαιολογικού, θρησκευτικού, περιβαλλοντικού και λαογραφικού ενδιαφέροντος του νησιού.
Το ακριβές πρόγραμμα της επίσκεψης προετοιμάζεται κάθε φορά από το Μουσείο ανάλογα με τους στόχους, τα ενδιαφέροντα και τις επιθυμίες των εκπαιδευτικών και μαθητών με απ’ ευθείας συνεννόηση των υπευθύνων του Μουσείου με τους εκπαιδευτικούς του σχολείου.